W połowie XVI wieku grupa księży z Towarzystwa Jezusowego, wyruszyła do Azji by szerzyć katolicyzm. W Makau wybudowali kościół, koledż, rezydencję, bibliotekę z tysiącami książek i farmę z drzewami owocowymi oraz pięcioma studniami (1583). Całość otoczona była murem z pięcioma wejściami. Jedno z nich nadal zobaczymy w pobliżu chińskiej świątyni Na Tcha, wybudowanej w 1898.

Cały kompleks znany był pod nazwą Mater Dei czyli Matki Bożej/Boskiej a sam kościół w tamtych czasach był największy w Azji. Przepych, splendor budowli miał wyrażać triumf, wielkość Rzymskiego Kościoła Katolickiego.

Opuszczony przez Jezuitów kościół, strawiony został przez pożar w czasie tajfunu w styczniu 1835 roku. Jako, że główna konstrukcja była drewniana, została tylko granitowa fasada i 68 kamiennych schodków. W 1904 roku m.in. lokalne środowiska katolickie rozpoczęły zbiórkę na rzecz odbudowy kościoła, jednak do chwili obecnej plan nie został zrealizowany. Szczątki murów rozebrano w 1830 roku i posłużyły jako śmieci do poszerzania zatoki Praia Grande (Nam Van).

Większość historyków uważa, że architektem kościoła Św. Pawła był włoski jezuita Carlo Spínola (1564-1622), choć nie ma to żadnych dokumentów potwierdzających. Podobne elementy fasady kościoła znajdziemy na murach kościołów katolickich wybudowanych z końcem XVI wieku w Europie jak Chiesa del Gesú w Rzymie ale także i  w Sé Cathedral w Goa, byłej portugalskiej kolonii w Indiach. Wszystkie te świątynie mając także pewne wspólne cechy, które odnaleźć możemy w szkicach samego Leonardo da Vinci.

Jakkolwiek sam kościół bez wątpienia jest połączeniem Wschodu i Zachodu, zresztą jak samo Makau. Chińscy i japońscy rzemieślnicy wykonywali dekoracje, a sama fasada została zbudowana przez japońskich katolików, którzy z powodu prześladowań opuścili Japonię.